我女朋友就是在乡镇卫生院上班，我来回答这个问题。
乡镇卫生院一般情况下是基层卫生系统事业单位性质的单位。
卫生系统事业单位主要分为全额拨款事业单位，差额补款事业单位两种，目前自收自支的乡镇卫生院事业单位还是比较少的。主要原因是乡镇本来就很难留住人才，如果没有了事业单位作保证，更难吸引人，留住人才，稳定人才队伍。
至于待遇，乡镇卫生院人员和很多公立医院一样分为两种。包括在编人员和编外人员。在编人员就是有事业单位编制的工作人员，他们的工资按照普通事业单位发放，绝大部分包括基本工资，职称工资，和与单位收入有关的绩效。这个各地情况不一样，从2000元到8000都有，但是西部贫困县大部分在编人员也在4000以上。收入比相同级别的乡镇公务员要高很多。
另外就是编外人员，也就是聘用人员。他们一般是乡镇卫生院为解决医务人员不足问题，自主招聘的一些医生和护士，他们的工资主要靠医院的营业收入来分配，一半工资都不会太高，福利待遇也会差很多。流动性也很大。
总的来说乡镇卫生院属于最基层的卫生系统，待遇肯定没有县级及以上单位工资待遇高，当然要求条件也低一些。在卫生系统待遇肯定不是太好，收入较低，工作也辛苦。
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