根据上述职责，省国土资源厅设16个内设机构：
（一）办公室。
负责文电、文字综合、会务、机要、档案等工作；承担政务信息、政务接待、安全保密、新闻发布和政务公开的工作；承担机关资产管理、信息化管理、综合业务与协调处理、督查督办等工作，管理厅政务大厅。
（二）法规处。
组织起草国土资源管理地方性法规和省政府规章草案，承担机关有关规范性文件的合法性审核工作，组织法律法规宣传教育，推进国土资源行业依法行政；组织行政处罚案件、行政许可事项的听证，承担行政复议、行政应诉、征地补偿争议裁决等有关工作。
（三）调控和监测处。
开展国土资源经济形势分析，研究提出国土资源供需总量平衡的政策建议，参与全省宏观经济运行及相关改革政策涉及国土资源领域问题的研究；组织国土资源重大课题调研，承担综合统计和厅内专业统计归口管理工作；统筹协调国土资源专项的立项工作；承担有关政策性文稿的起草与综合工作；协调和组织厅内有关综合研究工作。
（四）规划处。
编制实施全省国土、土地利用、矿产资源、地质环境等综合规划，组织编制和实施资源调查评价、勘查、开发、整理、复垦、基本农田等专项规划；编制管理全省土地利用计划和国土资源调查评价计划；依法指导和审核国土资源相关规划；参与报省政府审批的城市总体规划等涉及国土资源相关规划的会审。承担基本建设及重大专项投资管理和建设项目用地预审工作，研究全省有关国土资源的区域、城乡统筹协调、综合利用和循环经济政策措施。
（五）财务处。
参与管理土地、矿产等资源性资产和国家出资形成的矿业权权益的有关工作。依法承担国土资源专项收入征管相关工作；承担有关专项资金、基金的管理工作和部门预决算、政府采购、国库集中支付和内部审计有关工作；拟订有关财务、资产管理规章，承担机关财务工作和所属单位财务、国有资产监管的工作。
（六）征转用地管理处。
贯彻执行国家土地征、转用的法规和有关政策，拟订全省土地征、转用的政策措施和管理办法。承担需报国务院和省政府批准的土地征收征用和新增建设用地的审核、报批工作，并负责报批后的监督和备案工作。指导和监督土地征收征用的补偿工作。负责占用耕地补偿制度的落实。
（七）耕地保护处。
承担基本农田保护和土地整理、复垦、开发工作。承担耕地保护责任目标考核的有关工作；监督检查基本农田保护制度落实。
（八）地籍管理处。
贯彻执行土地调查、监测、统计的规程、规范、标准；执行土地确权、登记、争议调处办法并监督指导工作，调处重大或跨市土地权属争议；承担省本级土地登记工作，指导各市土地登记资料的整理、共享和汇交管理工作；拟订全省土地调查、监测总体方案并组织实施；指导市级地籍工作。
（九）土地利用管理处。
承担城乡建设用地和土地市场管理工作；规范土地使用权出让、租赁和转让行为；拟订并实施土地供应、土地价格、土地资产和土地储备管理政策；拟订并实施土地开发利用标准；承担节约集约用地评价和建设用地分等定级工作，组织实施基准地价、标定地价等地价制度，对土地市场和地价实施动态监测。承担报国务院和省政府审批的改制企业的国有土地资产处置的审核、报批工作。
（十）地质勘查处。
组织全省区域地质调查和矿产资源调查评价；编制和组织实施地质勘查规划；拟订地质勘查相关规范、政策；管理省级地质勘查项目，组织实施重大地质勘查专项；管理和指导地质勘查行业；管理地质勘查资质。
（十一）矿产开发管理处。
承担矿业权审批登记发证的管理工作；编制实施矿业权设置方案；承担矿产资源保护和保护性开采特定矿种的管理事项；管理矿业权市场；监管矿产资源勘查、开采活动；调处重大矿业权权属纠纷。
（十二）矿产资源储量处（省矿产储量委员会办公室）。
贯彻执行矿产资源储量管理办法、标准、规程；管理矿产资源储量评审、登记、统计；实施矿山储量动态监督管理；承担矿产资源补偿费征收、矿产地储备、压覆矿产资源管理的事项；承担矿业权评估和地质资料汇交管理工作；组织矿产资源形势分析和战略研究。
（十三）地质环境处。
组织协调和监督地质灾害防治工作；承担监督管理地质遗迹、矿业遗迹等重要保护区、保护地的工作，依法管理水文地质、工程地质、环境地质勘查和评价工作；组织监测、监督防止地下水过量开采引起的地面沉降和地下水污染造成的地质环境破坏。
（十四）执法监察局。
组织对遵守和执行国土资源法律法规情况的监督检查；拟订全省土地、矿产执法监督和违法案件查处的规定；依法组织查处重大土地、矿产违法案件，指导市级国土资源管理部门土地、矿产违法案件查处工作；承担信访工作。
（十五）科技外事处。
组织编制和实施国土资源科技发展规划和重大科技计划；组织实施国家制定的国土资源技术标准、规程和规范，制定省级国土资源技术标准、规程和规范；承担国土资源科技成果管理工作。编制国土资源国际合作规划和计划；承担对外及对香港、澳门特别行政区和台湾地区的国土资源合作交流。指导全省国土资源行业科技进步和对外合作交流工作。
（十六）人事处。
承办机关及直属单位的人事管理、机构编制等工作；按规定承担市级国土资源主管部门领导班子和领导干部的管理工作；组织实施教育培训工作。
离退休干部处 负责机关离退休干部工作，指导直属单位的离退休干部工作。
机关党委 负责机关和直属单位党群工作。
设置纪检组、监察室 合署办公，负责纪检和行政监察工作。